Os ninjas eram antigos guerreiros que usavam táticas de guerrilha e treinavam inúmeras técnicas: a arte da invisibilidade (camuflagem), luta desarmada e armada, pressão de pontos vitais, técnicas especiais de fuga, caminhar silenciosamente, escalada de obstáculos, luta na água, envenenamento, hipnose, etc. Os ninjas também estudavam técnicas de dramatização e disfarces para se passar por outras pessoas. A lendária figura do mascarado todo vestido de roupa escura era apenas um de seus trajes, apropriado para determinadas missões noturnas onde não devia ser visto. Segundo algumas fontes, o uniforme ninja era, na verdade, azul marinho, marrom escuro ou outras tonalidades escuras, o preto não era usado já que não é uma boa camuflagem na escuridão. Os ninjas também usavam disfarces de camponeses, pescadores, samurais, etc., para facilitar o trabalho como espião.
A origem do guerreiro ninja ou Shinobi está envolta em lendas e mitos antigos que afirmavam que eles descendiam do Tengu, o pássaro-demônio da mitologia japonesa. Na verdade os ninjas surgiram durante o feudalismo japonês devido à perseguição aos budistas por parte do governo. Contrários ao novo sistema de governo e para poder seguir praticando sua religião alguns monges guerreiros se instalaram nas montanhas inóspitas das antigas províncias de Iga e Koga. Organizados em bandos, estes guerreiros formaram os primeiros clãs e precisaram adaptar seus conhecimentos e técnicas marciais a táticas de guerrilha, apropriadas a sua nova situação. Conhecidos por suas habilidades de infiltração tornaram-se grandes espiões no Japão feudal do século XIV. Seus trabalhos envolviam espionagem, assassinato, sabotagem, dentre outros. Habitavam locais de difícil acesso, tornando-se reduto de refugiados de guerras.
Os ninjas geralmente buscavam defender suas terras e sua família dos interesses feudais latifundiários. No entanto alguns clãs Shinobi trabalhavam como mercenários e algumas alianças com senhores feudais ocorriam, conforme os interesses políticos do momento, a ponto de alguns ninjas se tornarem quase samurais, diferindo destes apenas por não seguirem o Bushido, o código dos samurais. E era precisamente por não seguirem o rígido código samurai que eles podiam ser grandes espiões, pois as táticas de guerrilha ninja eram consideradas covardes pelos samurais, cujo código proibia matar pelas costas, envenenar, agir furtivamente ou disfarçado.
Os samurais e os ninjas estavam em extremos opostos (o que não impediu que alguns samurais se tornassem ninjas secretamente), pois os samurais eram oriundos de famílias nobres e tradicionais e ligados aos senhores feudais aos quais deviam obediência, enquanto os ninjas eram pessoas comuns, a maioria camponeses, e deviam obediência apenas aos seus clãs. Assim como os samurais, os ninjas também pertenciam a um grupo familiar, eram treinados deste a infância nas artes militares e também obedeciam a um código de honra, porém bem mais flexível que o dos samurais.
A espada ninja era devidamente adaptada às necessidades do seu usuário. Ao contrário da espada samurai, possuía a lâmina reta e menor, permitindo um uso mais junto ao corpo. Era geralmente transportada presa às constas para deixar os dois braços livres para, por exemplo, permitir escaladas com a Kawanaga, ou gancho de agarre. Algumas escolas usavam bombas de fumaça para facilitar suas fugas. As shurikens, as conhecidas "estrelas ninja", também eram utilizadas amplamente.
Também havia mulheres ninja, denominadas Kunoichi, que acrescentavam ao seu arsenal a arte da sedução, pois, além de seu treinamento normal junto com seus companheiros do sexo masculino, também recebiam treinamento especial na arte da sedução, na arte da elaboração e aplicação de venenos e usavam o Tesen (leque) com lâminas de metal. Atuavam combatendo ou seduzindo homens de alto poder político para obter, com maior facilidade, as informações secretas de que precisavam.
O que mais fascina nesses formidáveis guerreiros é o mistério milenar que os cercam. A crença em seus poderes sobrenaturais vinha de seu extraordinário domínio do ilusionismo. Se um ninja estava sendo perseguido ele podia usar uma "cortina" de fumaça para ocultar-se ou deixar um animal em seu lugar para que seus supersticiosos perseguidores pensassem que ele havia sumido ou se transformado naquele animal. Conta a lenda que um ninja quando percebeu que ia ser capturado matou um pequeno animal sem sangrá-lo, quebrando seu pescoço, e o ocultou em suas roupas. Quando foi capturado pediu para fazer o ritual de suicídio (harakiri). Autorizado a fazê-lo cortou a própria barriga que, naturalmente, sangrou muito. Após o ritual seu corpo foi abandonado e quando se viu sozinho o "morto" levantou e fugiu, pois o sangue era do animal que havia ocultado em sua roupa.
